区招投标监督管理办公室内设五个股级科室：综合科、督查科、业务一科、业务二科、财务科。
各科室职能如下：
综合科：负责处理区招投标监督管理办公室内外部日常事务；协助主任协调机关工作；负责起草综合性文稿，做好信息、简报、大事记和其他宣传文字材料的起草、编发工作；承担机关秘书、文印、档案、机要、保密工作；负责日常会议的会务安排工作、外来客人的接待工作；负责人事工资工作；负责财务工作和固定资产管理工作；负责办公设施配置、维修、保养等行政后勤工作；完成领导交办的其他工作。
督查科：负责对各项招标投标管理办法、制度实施情况进行监督和检查；负责对工程建设项目交易、产权交易和政府采购等交易活动进行全程监督工作；负责监督政府采购的运行和执行情况，监督检查政府采购法规、政策执行情况，处理违规行为，受理政府采购投诉；负责对交易中心开展交易活动的操作程序和公正性、公平性、公开性进行监督；负责对区招投标交易中心窗口服务工作的管理与考核；负责对中心交易活动的投诉受理和调查工作；负责调查招标投标活动中产生的争议和纠纷，并提出相应的处理意见。
业务一科：负责研究拟订各类建设工程等项目招投标交易规则、管理制度、评标程序、方法和标准；负责执行招标计划；做好各投标企业的资质预审和准入把关工作；建立、管理评标专家库；负责受理招投标政策及业务工作的解答、投诉；负责招标投标业务的指导、协调工作；负责各类交易活动相关管理办法的拟订和完善；负责交易中心交易管理服务标准和规范的制订。
业务二科：研究制订政府采购政策、规章；会同区财政局编制政府采购年度计划，制定政府采购目录；负责供应商市场准入资格审核；负责确定集中采购项目的采购方式，负责区直各机关单位个案采购的审批或备案工作；负责跨部门、跨地区政府采购协调工作；指导全区政府采购工作，负责政府采购人员的培训；指导招投标交易中心相关业务科室的工作。
财务科:负责对财务科室的日常管理、年度预算、资金运作等进行总体控制；负责分析对本单位财务状况、财务收支及计划的具体执行情况，提出有益的建议；负责为部门决策提供及时有效的财务分析，保证财务信息统计的日常进行；负责监督检查财务制度、财务预算的执行情况。
